По мнению американской правозащитной организации Институт Джекоба Блаустейна (JBI) вердикт по делу Ходорковского ставит под сомнение соблюдение российским правительством принципов верховенства права.

JBI призывает российское правительство обратить внимание на многочисленные правонарушения во время судебного процесса над Ходорковским и Лебедевым и освободить их из заключения. Организация также призывает политиков США и Евросоюза принять публичные меры, учитывая критику, высказанную Кэтрин Эштон и Хилари Клинтон в связи с ходом процесса и его итогом.

Любой суд может быть остановлен согласно "исключительным обстоятельствам", "по моральным причинам, общественного порядка или национальной безопасности в демократическом государстве, или в том случае, если публичность может навредить интересам правосудия". Однако в процессе по делу Ходорковского не было выявлено никаких особых обстоятельств, особенно на последней стадии процесса, которые позволили бы принять ограничительные меры [отказ пускать прессу в зал заседаний-ПЦ]. Правозащитная организация обращается к судье Данилкину с призывом немедленно снять все ограничения по присутствию на процессе представителей общественности, включая и журналистов.